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如需要处理的水质低于国家标准时，如色度高于15度，浊度高于5度，含铁量高于0.3毫克/升，先采用其它净化和过滤等方法，使其净化达标后用紫外线杀菌设备。
② 定期检查，确保紫外线灯的正常运行。紫外线灯应持续处于开启状态，反复开关会严重影响灯管的使用寿命。
③ 紫外线杀菌器应定期清洗：根据水质情况，紫外线灯管和石英玻璃套管需要定期清洗，用酒精棉球或纱布擦试灯管，去除石英玻璃套管上污垢并擦净，以免影响紫外线的透过率，而影响杀菌效果。
④ 紫外线杀菌器灯管的更换：进口灯管连续使用9000小时，或一年之后，应更换紫外线灯管，以确保高杀菌率。更换灯管时，先将灯管电源插座拔掉，抽出灯管，再将擦净的新灯管小心地插入杀菌器内，装好密封圈，检查有无漏水现象，再插上电源。注意勿以手指触及新灯管的石英玻璃，否则会因污点影响杀菌效果。
⑤ 预防紫外线辐射：紫外线对细菌具有强大的杀伤力，使用不当也会对人体造成伤害，启动时，避免对人体直接照射，可使用防护眼镜，不可直接用眼镜正视光源，以免伤害眼膜。